Gặp gỡ Thuyền trưởng Olimar và dàn Pikmin đỏ, xanh và vàng tài năng trong một nhiệm vụ khốc liệt trên một hành tinh lớn hơn sự sống. Olimar phải hướng dẫn những người bạn đồng hành đáng yêu của mình vượt qua các chướng ngại vật, trong trận chiến và khi thu thập các bộ phận con tàu bị mất tích của mình.